植株和块茎均可感染。病株生长缓慢，矮小直立，茎叶逐渐变黄，顶部叶片向中脉卷曲，有时萎蔫。靠地面的茎基部变黑腐烂，有粘液和臭味，很容易从土壤中拔出。发病晚的植株能结染病程度不同的白芨茎块，横断面切开，可以看到维管束已变黑色，并从脐部开始腐烂。感病重的薯块，在田间就已经腐烂，发出难闻的气味。严重时茎块烂成空腔，轻者只是脐部变色，甚至看不出症状。
首先,要严格执行检疫制度。无病区不能盲目大调大运种苗，需要调入时，必须经过严格检验，严防病苗传入；未经检验者一律不得作种使用。病区要严格封锁，严禁种苗向外调运。同时，应从无病区调种，淘汰本地感病品种，这是防治黑茎病的根本措施。
其次，采用整株播种。细菌性的黑胫病和环腐病菌都可以借切刀传播，采用整株播种，就可切断病菌传播蔓延的途径，同时还有抗旱保苗、防止退化等优点。所以不建议用白芨块茎切芽播种，一个是种植效果不好，还有就是容易传染细菌。
第三，淘汰病种。.种苗在播种前一定要经过严格挑选，凡是病、烂、破伤种苗一律不能做种。
第四，拔除病株。幼苗出土后，要逐垄逐行的随时进行检查，发现病株应及时拔除，拔完病株的空窝要用石灰消毒，挖掉的病株要带出田外深埋，以免再传染。
第五，实行轮作。重茬会加重病害，实行3-4年的轮作制就可以避免病菌感染。黑烃病在土壤粘重、低洼下湿的地块发病严重。因此，在轮作时，还要注意避免在下湿涝洼地上种植种苗。
恶霉灵是农业植保专家最新研制出的恶霉灵更新换代产品，属内吸性高效农药杀菌剂、土壤消毒剂、而且也是一种植物生长调节剂。药效作用独特，具有高效、低毒、无公害，属于绿色环保高科技精品，恶霉灵能有效抑制病原真菌菌丝体的正常生长或直接杀死病菌，又能促进植物生长;并具有促进作物根系生长发育、生根壮苗，提高农作物的成活率。恶霉灵的渗透率极高，两个小时就能移动到茎部，20个小时移动至植物全身。
恶霉灵作为是一种内吸性杀菌剂和土壤消毒剂，具有独特的作用机理。恶霉灵进入土壤后被土壤吸收并与土壤中的铁、铝等无机金属盐离子结合，有效抑制孢子的萌发和病原真菌菌丝体的正常生长或直接杀灭病菌，药效可达两周。恶霉灵能被植物的根吸收及在根系内移动，在植株内代谢产生两种糖苷，对作物有提高生理活性的效果，从而能促进植株生长，根的分蘖，根毛的增加和根的活性提高。因对土壤中病原菌以外的细菌、放线菌的影响很小，所以对土壤中微生物的生态不产生影响，在土壤中能分解成毒性很低的化合物，对环境安全。
白芨幼苗定植时或秧苗生长期，用3000-6000倍96%恶霉灵（或1000倍30%恶霉灵）喷洒，间隔7天再喷1次，不但可预防治疗枯萎病、根腐病、茎腐病、疫病、黄萎病、黑茎病等病害，而且可促进秧苗根系发达，植株健壮，增强对低温、霜冻、干旱、涝渍、药害、肥害等多种自然灾害的抗御性能。
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